紫药水具有杀菌作用和收敛作用，对葡萄球菌、真菌、念珠菌及绿脓杆菌均有一定的杀伤作用，杀菌介于碘酒与红药水之间。如果有浅表皮肤的烫伤、烧伤、皮肤和口腔粘膜溃疡、口唇疱疹等，局部上紫药水，就可防止细菌感染和局部组织液的外渗，有拔干作用。
紫药水刺激性小、无毒性，进入人体内也不易发生毒副作用，故常用于、鹅口疮、感染等症。